孙悟空一共三次离开取经队伍。
第十四回 孙悟空被唐僧从五行山解救后，路上打死了“眼耳鼻舌意身”六贼，唐僧责怪了几句，孙悟空怪唐僧有眼无珠，一气到了东海龙宫。悟空到东海龙王出喝茶，看到墙上挂了一幅画，正是《圯桥三进履》，讲的是张良拜师黄石公的故事。孙悟空受感动，就回到唐僧身边，继续西去。
第二十七回~三十一回。过了五庄观，白骨尸魔三次变化人形要吃唐僧，孙悟空三次将妖精打死，唐僧受猪八戒蛊惑，敢走了孙悟空。后来，唐僧遇难宝象国，猪八戒花果山义激美猴王，孙悟空才重新出山解救唐僧。
第五六十回~五十七回：悟空又打杀了几个贼盗，唐僧大怒，将他赶离，孙悟空便去了南海观音那里。后来混世四猴之一的六耳猕猴趁机变为悟空的样子，抢走了唐僧的包袱，还打伤了唐僧。真假美猴王三界大战，最后如来佛祖收服六耳猕猴，孙悟空重新回归队伍。其中六耳猕猴也有解释为孙悟空心中的“恶”念所生。所以和孙悟空一般无二，只有如来佛祖能识破并降服孙悟空心中之“恶”，以致达成正果。
